NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
580162 |
4cio   |
18846 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 1892 |
data_4cio_MR_file_constraints
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_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_4cio
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_4cio 1
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save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_4cio
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 4cio "Master copy" parsed_4cio
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save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_4cio
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 4cio.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4cio 1
1 4cio.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE ambi 1534 parsed_4cio 1
1 4cio.mr . . XPLOR/CNS 3 distance "hydrogen bond" simple 50 parsed_4cio 1
1 4cio.mr . . XPLOR/CNS 4 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 248 parsed_4cio 1
1 4cio.mr . . XPLOR/CNS 5 "dipolar coupling" "Not applicable" "Not applicable" 60 parsed_4cio 1
1 4cio.mr . . "MR format" 6 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4cio 1
stop_
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save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_4cio
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER RNA BINDING PROTEIN/RNA 12-DEC-13 4CIO
*TITLE RRM DOMAIN FROM C. ELEGANS SUP-12 BOUND TO GGUGUGC RNA
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: PROTEIN SUP-12, ISOFORM A;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 FRAGMENT: RRM DOMAIN, RESIDUES 28-121;
*COMPND 5 SYNONYM: SUP-12;
*COMPND 6 ENGINEERED: YES;
*COMPND 7 MOL_ID: 2;
*COMPND 8 MOLECULE: 5'-R(*GP*GP*UP*GP*UP*GP*CP)-3';
*COMPND 9 CHAIN: B;
*COMPND 10 FRAGMENT: SUP-12 BINDING MOTIF;
*COMPND 11 OTHER_DETAILS: THE HEPTAMER SEQUENCE IS DERIVED FROM THE INTRON
*COMPND 12 BETWEEN EXONS 4 AND 5B FROM THE C. ELEGANS EGL-15 GENE.
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: CAENORHABDITIS ELEGANS;
*SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 6239;
*SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 469008;
*SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21(DE3);
*SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_VARIANT: PLYSY;
*SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;
*SOURCE 9 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PET-HIS1A;
*SOURCE 10 MOL_ID: 2;
*SOURCE 11 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 12 ORGANISM_SCIENTIFIC: CAENORHABDITIS ELEGANS;
*SOURCE 13 ORGANISM_TAXID: 6239
*KEYWDS RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX, MUSCLE, DEVELOPMENT
*EXPDTA SOLUTION NMR
*AUTHOR S.AMRANE,C.D.MACKERETH
*REVDAT 1 13-DEC-13 4CIO 0
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_4cio
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_4cio 1
2 1 . . . parsed_4cio 1
3 1 . . . parsed_4cio 1
4 1 . . . parsed_4cio 1
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6 1 . . . parsed_4cio 1
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10 1 . . . parsed_4cio 1
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15 1 . . . parsed_4cio 1
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21 2 . 3 . parsed_4cio 1
21 3 . . . parsed_4cio 1
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23 5 . . . parsed_4cio 1
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34 5 . . . parsed_4cio 1
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73 2 . 3 . parsed_4cio 1
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82 1 . . . parsed_4cio 1
83 1 2 . OR parsed_4cio 1
83 2 . 3 . parsed_4cio 1
83 3 . . . parsed_4cio 1
84 1 . . . parsed_4cio 1
85 1 . . . parsed_4cio 1
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1318 1 2 . . . . . . . . RNA1 2 . H8 parsed_4cio 1
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1319 1 2 . . . . . . . . RNA1 2 . H8 parsed_4cio 1
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1383 7 2 . . . . . . . . SUPR 55 . HB2 parsed_4cio 1
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save_
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_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_4cio
_Distance_constraint_list.ID 2
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_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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35 1 . . . parsed_4cio 2
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loop_
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_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
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_Dist_constraint.Entity_ID
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3 1 2 . . . . . . . . . 38 . N parsed_4cio 2
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stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
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_Dist_constraint_value.Distance_constraint_list_ID
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5 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
6 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
7 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
8 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
9 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
10 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
11 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
12 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
13 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
14 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
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16 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
17 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
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19 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
20 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
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30 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
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32 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
33 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
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39 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
40 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
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43 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
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46 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
47 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
48 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
49 1 . . . . . 2.74 2.74 3.24 parsed_4cio 2
50 1 . . . . . 1.79 1.79 2.29 parsed_4cio 2
stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
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stop_
save_
save_CNS/XPLOR_dihedral_4
_Torsion_angle_constraint_list.Sf_category torsion_angle_constraints
_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_4cio
_Torsion_angle_constraint_list.ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 4
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
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_Torsion_angle_constraint.ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_name
_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_1
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_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_1
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_Torsion_angle_constraint.Seq_ID_1
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_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Comp_index_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Seq_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Comp_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Comp_index_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Seq_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Comp_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_3
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_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_4
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_Torsion_angle_constraint.Auth_seq_ID_2
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_Torsion_angle_constraint.Auth_seq_ID_3
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_Torsion_angle_constraint.Auth_seq_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Auth_comp_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Auth_atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entry_ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -72.320 -47.720 . SUPR 32 . C SUPR 33 . N SUPR 33 . CA SUPR 33 . C parsed_4cio 1
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5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112.547 141.947 . SUPR 37 . N SUPR 37 . CA SUPR 37 . C SUPR 38 . N parsed_4cio 1
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185 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 315 . RNA1 5 . O3' RNA1 6 . P RNA1 6 . O5' RNA1 6 . C5' parsed_4cio 1
186 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 315 . RNA1 6 . O3' RNA1 7 . P RNA1 7 . O5' RNA1 7 . C5' parsed_4cio 1
187 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 255 . RNA1 2 . P RNA1 2 . O5' RNA1 2 . C5' RNA1 2 . C4' parsed_4cio 1
188 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 255 . RNA1 3 . P RNA1 3 . O5' RNA1 3 . C5' RNA1 3 . C4' parsed_4cio 1
189 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 255 . RNA1 4 . P RNA1 4 . O5' RNA1 4 . C5' RNA1 4 . C4' parsed_4cio 1
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208 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -182 -72 . RNA1 2 . C4' RNA1 2 . C3' RNA1 2 . O3' RNA1 3 . P parsed_4cio 1
209 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -182 -72 . RNA1 3 . C4' RNA1 3 . C3' RNA1 3 . O3' RNA1 4 . P parsed_4cio 1
210 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -182 -72 . RNA1 4 . C4' RNA1 4 . C3' RNA1 4 . O3' RNA1 5 . P parsed_4cio 1
211 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -182 -72 . RNA1 5 . C4' RNA1 5 . C3' RNA1 5 . O3' RNA1 6 . P parsed_4cio 1
212 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -182 -72 . RNA1 6 . C4' RNA1 6 . C3' RNA1 6 . O3' RNA1 7 . P parsed_4cio 1
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stop_
loop_
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_TA_constraint_comment_org.Comment_text
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_TA_constraint_comment_org.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 "!TALOS-N phi/psi" 1 1 1 35 parsed_4cio 1
2
;
!TALOS-N chi
!T32 g+
;
277 1 278 34 parsed_4cio 1
3 "!F34 g-" 281 1 281 34 parsed_4cio 1
4 "!T35 g+" 284 1 284 34 parsed_4cio 1
5 "!K36 t" 287 1 287 33 parsed_4cio 1
6 "!I37 g-" 290 1 290 34 parsed_4cio 1
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34 "!T82 g-" 374 1 374 34 parsed_4cio 1
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37 "!I99 g-" 383 1 383 34 parsed_4cio 1
38 "!I100 g-" 386 1 386 35 parsed_4cio 1
39 "!K104 t" 389 1 389 34 parsed_4cio 1
40 "!V107 t" 392 1 392 34 parsed_4cio 1
41 "!L112 g-" 395 1 395 35 parsed_4cio 1
42 "!K115 g-" 398 1 398 35 parsed_4cio 1
43 "!R117 g-" 401 1 401 35 parsed_4cio 1
44 "!V120 t" 404 1 404 34 parsed_4cio 1
45
;
!RNA dihedrals
Alpha (O3' - P - O5' - C5') 180 +/- 135
;
408 1 409 42 parsed_4cio 1
46 "Beta (P - O5' - C5' - C4') 165 +/- 90" 417 1 417 40 parsed_4cio 1
47 "Gamma ( O5' - C5' - C4' - C3') 125 +/- 85" 425 1 425 44 parsed_4cio 1
48 "Delta (C5' - C4' - C3' - O3') 115 +/- 50" 434 1 434 43 parsed_4cio 1
49 "Epsilon (C4' - C3' - O3' - P) -127 +/- 55" 443 1 443 44 parsed_4cio 1
50 "Zeta (C3' - O3' - P - O5') 175 +/- 130" 451 1 451 41 parsed_4cio 1
51 "Chi (anti/syn)" 459 1 459 18 parsed_4cio 1
52 "Restrain Specific RNA Nucleotides to 2'/3' endo" 467 1 467 1 parsed_4cio 1
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save_
save_CNS/XPLOR_dipolar_coupling_5
_RDC_constraint_list.Sf_category RDC_constraints
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loop_
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1 . . . . . . . . . . . . . . . . -3.5 . . . . . 33 . HN . 33 . N parsed_4cio 1
2 . . . . . . . . . . . . . . . . 7.0 . . . . . 34 . HN . 34 . N parsed_4cio 1
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