NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
42617 |
1z2q   |
6594 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 905 |
data_1z2q_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_1z2q
_Study_list.ID 1
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_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_1z2q 1
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save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_1z2q
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 1z2q "Master copy" parsed_1z2q
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save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_1z2q
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 1z2q.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1z2q 1
1 1z2q.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 545 parsed_1z2q 1
1 1z2q.mr . . XPLOR/CNS 3 "dipolar coupling" "Not applicable" "Not applicable" 259 parsed_1z2q 1
1 1z2q.mr . . XPLOR/CNS 4 "chemical shift" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1z2q 1
1 1z2q.mr . . XPLOR/CNS 5 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 101 parsed_1z2q 1
1 1z2q.mr . . "MR format" 6 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1z2q 1
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save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1z2q
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER MEMBRANE PROTEIN 08-MAR-05 1Z2Q
*TITLE HIGH-RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF THE LM5-1 FYVE DOMAIN
*TITLE 2 FROM LEISHMANIA MAJOR
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: LM5-1;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 FRAGMENT: FYVE DOMAIN;
*COMPND 5 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: LEISHMANIA MAJOR;
*SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 5664;
*SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3);
*SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 469008;
*SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21(DE3);
*SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;
*SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PGEX-6P-3
*KEYWDS MEMBRANE PROTEIN, FYVE DOMAIN, ZINC-FINGER
*EXPDTA SOLUTION NMR
*NUMMDL 21
*AUTHOR H.D.T.MERTENS, J.M.CALLAGHAN, M.J.MCCONVILLE, P.R.GOOLEY
*REVDAT 1 07-APR-09 1Z2Q 0
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1z2q
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_1z2q 1
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stop_
loop_
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447 1 . . . . . 2.550 1.800 3.300 parsed_1z2q 1
448 1 . . . . . 2.550 1.800 3.300 parsed_1z2q 1
449 1 . . . . . 3.000 1.800 4.200 parsed_1z2q 1
450 1 . . . . . 2.650 1.800 3.500 parsed_1z2q 1
451 1 . . . . . 3.000 1.800 4.200 parsed_1z2q 1
452 1 . . . . . 2.650 1.800 3.500 parsed_1z2q 1
453 1 . . . . . 3.400 1.800 5.000 parsed_1z2q 1
454 1 . . . . . 2.350 1.800 2.900 parsed_1z2q 1
455 1 . . . . . 2.650 1.800 3.500 parsed_1z2q 1
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stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1 "! Distance constraints" 1 1 1 24 parsed_1z2q 1
2 "!!assign (resid 20 and name HA) (resid 21 and name HN) 2.350 0.550 0.550" 51 1 51 92 parsed_1z2q 1
3
;
Orig
!!assign (resid 24 and name HN) (resid 31 and name HN) 3.400 1.600 1.600 ! Alt-1
;
76 88 77 99 parsed_1z2q 1
4
;
!!assign (resid 23 and name HB#) (resid 28 and name HA*) 2.550 0.750 0.750 ! SAME as above
!!assign (resid 23 and name HB#) (resid 28 and name HN) 3.000 1.200 1.200
;
81 1 82 92 parsed_1z2q 1
5 "!!assign (resid 24 and name HA) (resid 26 and name HN) 2.650 0.850 0.850 ! tight" 87 1 87 99 parsed_1z2q 1
6 "!!assign (resid 24 and name HN) (resid 30 and name HA) 2.650 0.850 0.850 ! tight" 103 1 103 99 parsed_1z2q 1
7 In-temp 113 88 113 98 parsed_1z2q 1
8 "!!assign (resid 26 and name HA*) (resid 47 and name HD2#) 3.400 1.600 1.600 ! Out-temp, olap, tight" 115 1 115 115 parsed_1z2q 1
9 In-temp 116 88 116 98 parsed_1z2q 1
10 "!!assign (resid 26 and name HA*) (resid 47 and name HD2#) 3.000 1.200 1.200 ! Out-temp, as above" 118 1 118 112 parsed_1z2q 1
11
;
In-temp
!!assign (resid 26 and name HN) (resid 47 and name HD1#) 2.350 0.550 0.550 ! tight
;
120 88 121 99 parsed_1z2q 1
12
;
!!assign (resid 27 and name HB2) (resid 28 and name HN) 3.000 1.200 1.200 ! BAD-out
!!assign (resid 27 and name HB1) (resid 28 and name HN) 3.900 2.100 2.100 ! BAD-out
!!assign (resid 27 and name HN) (resid 28 and name HN) 2.350 0.550 0.550
;
124 1 126 92 parsed_1z2q 1
13 "!!assign (resid 27 and name HN) (resid 47 and name HD2#) 3.900 2.100 2.100 ! Out-temp" 128 1 128 102 parsed_1z2q 1
14 "!!assign (resid 29 and name HB1) (resid 30 and name HN) 2.650 0.850 0.850 ! Out-temp" 134 1 134 102 parsed_1z2q 1
15
;
!!assign (resid 31 and name HN) (resid 35 and name HG2#) 2.350 0.550 0.550 ! Alt-1
!!assign (resid 31 and name HN) (resid 23 and name HB#) 2.350 0.550 0.550 ! Alt-2
;
140 1 141 99 parsed_1z2q 1
16 Orig 142 88 142 96 parsed_1z2q 1
17 "!!assign (resid 24 and name HN) (resid 31 and name HN) 3.400 1.600 1.600 ! Orig" 154 1 154 98 parsed_1z2q 1
18 Alt-1 155 88 155 95 parsed_1z2q 1
19
;
46 VAL HA
!!assign (resid 38 and name HN) (resid 46 and name HA) 2.650 0.850 0.850 ! Orig
!!assign (resid 40 and name HN) (resid 46 and name HA) 2.650 0.850 0.850 ! Alt-1
see a later ass. for this as it is binned at 4.20
;
206 1 209 52 parsed_1z2q 1
20 "!!assign (resid 40 and name HA) (resid 47 and name HD1#) 3.000 1.200 1.200 ! Could be 46 HA" 222 1 222 108 parsed_1z2q 1
21 "!!assign (resid 40 and name HB1) (resid 47 and name HD1#) 2.550 0.750 0.750 ! ambig/olap" 232 1 232 104 parsed_1z2q 1
22 "!!assign (resid 40 and name HB2) (resid 44 and name HN) 3.000 1.200 1.200 ! tight" 236 1 236 99 parsed_1z2q 1
23 "check above when adjusting" 244 88 244 117 parsed_1z2q 1
24 "assign (resid 47 and name HD1#) (resid 51 and name HB2) 2.550 0.750 0.750 ! MAYBE MISS, runA" 313 1 313 108 parsed_1z2q 1
25 "TEST, runA" 314 88 314 101 parsed_1z2q 1
26
;
assign (resid 47 and name HD1#) (resid 71 and name HB#) 2.550 0.750 0.750 ! MISS, runA
assign (resid 47 and name HD1#) (resid 25 and name HB2) 2.550 0.750 0.750 ! above
;
321 1 322 96 parsed_1z2q 1
27 "assign (resid 47 and name HD2#) (resid 51 and name HB2) 2.550 0.750 0.750 ! MISS, test" 324 1 324 102 parsed_1z2q 1
28 "TEST, runA" 325 88 325 101 parsed_1z2q 1
29 "!!assign (resid 59 and name HA) (resid 62 and name HN) 2.650 0.850 0.850 ! tight" 440 1 440 99 parsed_1z2q 1
30
;
!!assign (resid 61 and name HB1) (resid 77 and name HD2#) 3.000 1.200 1.200 ! Orig/Miss
!!assign (resid 61 and name HB1) (resid 63 and name HD1#) 3.000 1.200 1.200 ! See above
;
456 1 457 103 parsed_1z2q 1
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_dipolar_coupling_3
_RDC_constraint_list.Sf_category RDC_constraints
_RDC_constraint_list.Entry_ID parsed_1z2q
_RDC_constraint_list.ID 1
_RDC_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_RDC_constraint_list.Block_ID 3
_RDC_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_RDC_constraint.ID
_RDC_constraint.Assembly_atom_ID_1
_RDC_constraint.Entity_assembly_ID_1
_RDC_constraint.Entity_ID_1
_RDC_constraint.Comp_index_ID_1
_RDC_constraint.Seq_ID_1
_RDC_constraint.Comp_ID_1
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_RDC_constraint.Resonance_ID_1
_RDC_constraint.Assembly_atom_ID_2
_RDC_constraint.Entity_assembly_ID_2
_RDC_constraint.Entity_ID_2
_RDC_constraint.Comp_index_ID_2
_RDC_constraint.Seq_ID_2
_RDC_constraint.Comp_ID_2
_RDC_constraint.Atom_ID_2
_RDC_constraint.Resonance_ID_2
_RDC_constraint.RDC_val
_RDC_constraint.RDC_lower_bound
_RDC_constraint.RDC_upper_bound
_RDC_constraint.RDC_val_err
_RDC_constraint.Source_experiment_ID
_RDC_constraint.Auth_asym_ID_1
_RDC_constraint.Auth_seq_ID_1
_RDC_constraint.Auth_comp_ID_1
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_RDC_constraint.Auth_asym_ID_2
_RDC_constraint.Auth_seq_ID_2
_RDC_constraint.Auth_comp_ID_2
_RDC_constraint.Auth_atom_ID_2
_RDC_constraint.Entry_ID
_RDC_constraint.RDC_constraint_list_ID
1 . . . . . . . . . . . . . . . . 2.200 . . . . . 14 . N . 14 . HN parsed_1z2q 1
2 . . . . . . . . . . . . . . . . -2.080 . . . . . 15 . N . 15 . HN parsed_1z2q 1
3 . . . . . . . . . . . . . . . . 1.820 . . . . . 16 . N . 16 . HN parsed_1z2q 1
4 . . . . . . . . . . . . . . . . 2.080 . . . . . 18 . N . 18 . HN parsed_1z2q 1
5 . . . . . . . . . . . . . . . . 1.580 . . . . . 19 . N . 19 . HN parsed_1z2q 1
6 . . . . . . . . . . . . . . . . 4.980 . . . . . 20 . N . 20 . HN parsed_1z2q 1
7 . . . . . . . . . . . . . . . . 0.980 . . . . . 21 . N . 21 . HN parsed_1z2q 1
8 . . . . . . . . . . . . . . . . -14.100 . . . . . 23 . N . 23 . HN parsed_1z2q 1
9 . . . . . . . . . . . . . . . . -8.620 . . . . . 24 . N . 24 . HN parsed_1z2q 1
10 . . . . . . . . . . . . . . . . -6.060 . . . . . 26 . N . 26 . HN parsed_1z2q 1
11 . . . . . . . . . . . . . . . . -0.360 . . . . . 27 . N . 27 . HN parsed_1z2q 1
12 . . . . . . . . . . . . . . . . 3.540 . . . . . 28 . N . 28 . HN parsed_1z2q 1
13 . . . . . . . . . . . . . . . . 16.660 . . . . . 29 . N . 29 . HN parsed_1z2q 1
14 . . . . . . . . . . . . . . . . -1.700 . . . . . 30 . N . 30 . HN parsed_1z2q 1
15 . . . . . . . . . . . . . . . . -17.640 . . . . . 31 . N . 31 . HN parsed_1z2q 1
16 . . . . . . . . . . . . . . . . 10.440 . . . . . 32 . N . 32 . HN parsed_1z2q 1
17 . . . . . . . . . . . . . . . . 8.540 . . . . . 35 . N . 35 . HN parsed_1z2q 1
18 . . . . . . . . . . . . . . . . -6.680 . . . . . 36 . N . 36 . HN parsed_1z2q 1
19 . . . . . . . . . . . . . . . . 6.920 . . . . . 37 . N . 37 . HN parsed_1z2q 1
20 . . . . . . . . . . . . . . . . 0.010 . . . . . 38 . N . 38 . HN parsed_1z2q 1
21 . . . . . . . . . . . . . . . . -3.280 . . . . . 39 . N . 39 . HN parsed_1z2q 1
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23 . . . . . . . . . . . . . . . . -12.980 . . . . . 41 . N . 41 . HN parsed_1z2q 1
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stop_
loop_
_RDC_constraint_comment_org.ID
_RDC_constraint_comment_org.Comment_text
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_RDC_constraint_comment_org.Comment_end_column
_RDC_constraint_comment_org.Entry_ID
_RDC_constraint_comment_org.RDC_constraint_list_ID
1
;
! Residual dipolar couplings recorded at 600 MHz
! 10 mg/ml PF1
;
1 1 2 16 parsed_1z2q 1
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5 "( resid 64 and name HN ) 4.500 0.6" 306 1 306 47 parsed_1z2q 1
6 "( resid 75 and name HN ) 17.620 0.6" 370 1 370 48 parsed_1z2q 1
7 "( resid 78 and name HN ) 13.860 0.6" 392 1 392 48 parsed_1z2q 1
8 "( resid 79 and name HN ) 7.900 0.6" 400 1 400 47 parsed_1z2q 1
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11 "( resid 29 and name N ) -15.910 2.0" 487 1 487 49 parsed_1z2q 1
12 "( resid 35 and name N ) -17.628 2.0" 516 1 516 49 parsed_1z2q 1
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14 "( resid 40 and name N ) 3.887 2.0" 553 1 553 47 parsed_1z2q 1
15 "( resid 45 and name N ) -9.854 2.0" 582 1 582 48 parsed_1z2q 1
16 "( resid 49 and name N ) -18.170 2.0" 597 1 597 49 parsed_1z2q 1
17
;
correct scale factor
( resid 54 and name N ) -12.382 2.0 ! BAD, wrong scale factor
;
619 49 620 75 parsed_1z2q 1
18 "( resid 69 and name N ) 1.085 2.0" 697 1 697 47 parsed_1z2q 1
19 "( resid 70 and name N ) -0.994 2.0" 705 1 705 48 parsed_1z2q 1
20 "( resid 76 and name N ) -1.718 2.0" 734 1 734 48 parsed_1z2q 1
21 "! Updated list 240903 after SPARKY analysis" 758 1 758 45 parsed_1z2q 1
22 "( resid 16 and name HN ) 3.648 2.0" 778 1 778 47 parsed_1z2q 1
23 "( resid 27 and name HN ) -9.120 2.0" 828 1 828 48 parsed_1z2q 1
24 "( resid 35 and name HN ) -5.502 2.0" 871 1 871 48 parsed_1z2q 1
25
;
assign ( resid 500 and name OO )
( resid 500 and name Z )
( resid 500 and name X )
( resid 500 and name Y )
( resid 37 and name C )
( resid 38 and name HN ) 10.944 2.0 ! Out until everything else checks out
;
888 1 893 87 parsed_1z2q 1
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27 "( resid 45 and name HN ) -5.472 2.0" 936 1 936 48 parsed_1z2q 1
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33 "( resid 79 and name HN ) -1.854 2.0" 1110 1 1110 48 parsed_1z2q 1
34 "( resid 14 and name CA ) -5.842 1.0" 1119 1 1119 48 parsed_1z2q 1
35 "! Updated list 240903 after SPARKY analysis" 1113 1 1113 45 parsed_1z2q 1
36 "( resid 17 and name CA ) -7.504 1.0" 1134 1 1134 48 parsed_1z2q 1
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42 "( resid 31 and name CA ) 12.006 1.0" 1224 1 1224 48 parsed_1z2q 1
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stop_
save_
save_CNS/XPLOR_dihedral_5
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_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_1z2q
_Torsion_angle_constraint_list.ID 1
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_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 5
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
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_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Comp_index_ID_2
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_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_3
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_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_3
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_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Angle_lower_bound_val
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_Torsion_angle_constraint.Source_experiment_ID
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_Torsion_angle_constraint.Auth_comp_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Auth_atom_ID_2
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_Torsion_angle_constraint.Entry_ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_constraint_list_ID
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2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -180.0 -60.0 . . 4 . C . 5 . N . 5 . CA . 5 . C parsed_1z2q 1
3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -180.0 -60.0 . . 8 . C . 9 . N . 9 . CA . 9 . C parsed_1z2q 1
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stop_
loop_
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1
;
! Phi and Chi1 torsion angle constraints
!
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1 1 2 4 parsed_1z2q 1
2
;
assign (resid 51 and name C) (resid 52 and name N)
(resid 52 and name CA) (resid 52 and name C) 1.0 -60.0 60.0 2
;
87 1 88 93 parsed_1z2q 1
3
;
!
assign (resid 1 and name C) (resid 2 and name N)
(resid 2 and name CA) (resid 2 and name C) 1.0 -90.0 90.0 2
;
156 1 158 93 parsed_1z2q 1
4
;
assign (resid 21 and name C) (resid 22 and name N)
(resid 22 and name CA) (resid 22 and name C) 1.0 -90.0 90.0 2
;
172 1 173 93 parsed_1z2q 1
5
;
assign (resid 51 and name C) (resid 52 and name N)
(resid 52 and name CA) (resid 52 and name C) 1.0 90.0 90.0 2
;
193 1 194 93 parsed_1z2q 1
6
;
assign (resid 58 and name C) (resid 59 and name N)
(resid 59 and name CA) (resid 59 and name C) 1.0 -90.0 90.0 2
;
199 1 200 93 parsed_1z2q 1
7
;
assign (resid 65 and name C) (resid 66 and name N)
(resid 66 and name CA) (resid 66 and name C) 1.0 -90.0 90.0 2
;
205 1 206 93 parsed_1z2q 1
8
;
### 14 TYR CHI1 -90.0 -30.0 consistent large violation
### 30 VAL CHI1 150.0 230.0 NOT CERTAIN, spinning???
### 31 PHE CHI1 30.0 90.0 miss-ass, angle as below:
### 58 ILE CHI1 -90.0 -30.0 taken out @run15_asno3, consistent & large!
!
;
223 1 227 4 parsed_1z2q 1
stop_
save_
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