NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
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42153 |
1y4e   |
6446 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 441 |
data_1y4e_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_1y4e
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_1y4e 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_1y4e
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 1y4e "Master copy" parsed_1y4e
stop_
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save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_1y4e
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 1y4e.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1y4e 1
1 1y4e.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 441 parsed_1y4e 1
1 1y4e.mr . . "MR format" 3 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1y4e 1
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save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1y4e
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER MEMBRANE PROTEIN 30-NOV-04 1Y4E
*TITLE NMR STRUCTURE OF TRANSMEMBRANE SEGMENT IV OF THE NHE1
*TITLE 2 ISOFORM OF THE NA+/H+ EXCHANGER
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: SODIUM/HYDROGEN EXCHANGER 1;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 FRAGMENT: TRANSMEMBRANE SEGMENT IV;
*COMPND 5 SYNONYM: NA+, /H+, EXCHANGER 1, NHE-1, NA+/H+ ANTIPORTER,
*COMPND 6 AMILORIDE-SENSITIVE, APNH;
*COMPND 7 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;
*SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: HUMAN;
*SOURCE 4 GENE: SLC9A1, APNH1, NHE1;
*SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM_COMMON: BACTERIA;
*SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21 DE3 (PLYSS);
*SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: GEV-1
*KEYWDS NHE1 ISOFORM, TRANSMEMBRANE
*EXPDTA NMR, 100 STRUCTURES
*AUTHOR E.R.SLEPKOV, J.K.RAINEY, X.LI, Y.LIU, D.A.LINDHOUT,
*AUTHOR 2 B.D.SYKES, L.FLIEGEL
*REVDAT 1 01-FEB-05 1Y4E 0
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1y4e
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_1y4e 1
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17 1 . . . parsed_1y4e 1
18 1 . . . parsed_1y4e 1
19 1 . . . parsed_1y4e 1
20 1 . . . parsed_1y4e 1
21 1 . . . parsed_1y4e 1
22 1 . . . parsed_1y4e 1
23 1 . . . parsed_1y4e 1
24 1 . . . parsed_1y4e 1
25 1 . . . parsed_1y4e 1
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83 "made weak after round 3" 354 73 354 98 parsed_1y4e 1
84 "made v. weak after round 4" 360 74 360 103 parsed_1y4e 1
85 "made medium after round 10" 363 74 363 102 parsed_1y4e 1
86 "made medium" 364 73 364 86 parsed_1y4e 1
87 "added after round 3" 365 73 365 94 parsed_1y4e 1
88 "made v. weak after round 4" 366 74 366 103 parsed_1y4e 1
89 "made weak after round 1 w/cal" 370 73 370 104 parsed_1y4e 1
90 "made medium after round 1 w/cal; weak after round 10" 372 75 372 129 parsed_1y4e 1
91 "made v. weak after round 4" 373 74 373 103 parsed_1y4e 1
92 "made v. weak after round 4" 376 74 376 103 parsed_1y4e 1
93
;
made v. weak after round 4 - changed from 9 HB# -> 19 HA after round 1 w/cal
+/- 2
;
377 72 379 20 parsed_1y4e 1
94 "made v. weak after round 4" 380 71 380 100 parsed_1y4e 1
95 "added after round 3" 381 71 381 92 parsed_1y4e 1
96 "added after round 3" 382 71 382 92 parsed_1y4e 1
97 "made v. weak after round 4" 384 72 384 101 parsed_1y4e 1
98 "added after round 3" 386 71 386 92 parsed_1y4e 1
99 "added after round 3" 387 71 387 92 parsed_1y4e 1
100 "added after round 3" 388 71 388 92 parsed_1y4e 1
101 "made v. weak after round 4" 389 71 389 100 parsed_1y4e 1
102 "made v. weak after round 4" 390 74 390 103 parsed_1y4e 1
103
;
made v. weak after round 4
assign (residue 9 and name HN) (residue 11 and name HA) 3.90 2.10 2.10 ! made v. weak after round 4 - removed after round 11
;
391 74 392 126 parsed_1y4e 1
104
;
assign (residue 14 and name HD#) (residue 16 and name HA) 3.90 2.10 2.10 ! made v. weak after round 10 - removed after round 11
assign (residue 16 and name HA) (residue 14 and name HD#) 3.90 2.10 2.10 ! made v. weak after round 10 - removed after round 11
;
394 1 395 129 parsed_1y4e 1
105
;
made weak
assign (residue 17 and name HB#) (residue 19 and name HA) 3.40 1.60 1.60 ! made weak - changed to 9 HB# -> 8 HA after round 1 w/cal
assign (residue 17 and name HD##) (residue 19 and name HA) 3.90 2.10 2.10 ! made v. weak after round 4 - removed after round 11
assign (residue 19 and name HA) (residue 17 and name HD##) 3.90 2.10 2.10 ! made v. weak after round 4 - removed after round 11
;
397 73 400 130 parsed_1y4e 1
106 "made weak" 401 73 401 84 parsed_1y4e 1
107 "m -> w after round 6" 402 74 402 96 parsed_1y4e 1
108
;
w -> v. weak after round 6
assign (residue 24 and name HA) (residue 22 and name HB#) 3.90 2.10 2.10 ! made v. weak after round 4 - removed after round 6 - somewhat ambiguous
;
403 73 404 149 parsed_1y4e 1
109
;
made v. weak after round 4
+/- 3
;
406 74 408 20 parsed_1y4e 1
110 "made v. weak after round 4" 409 71 409 100 parsed_1y4e 1
111 "made v. weak after round 4" 410 71 410 100 parsed_1y4e 1
112 "made v. weak after round 4" 411 72 411 101 parsed_1y4e 1
113 "made v. weak after round 4" 412 71 412 100 parsed_1y4e 1
114 "made v. weak after round 4" 413 71 413 100 parsed_1y4e 1
115 "made v. weak after round 4" 416 72 416 101 parsed_1y4e 1
116 "made v. weak after round 4" 417 72 417 101 parsed_1y4e 1
117 "made v. weak after round 4" 418 72 418 101 parsed_1y4e 1
118 "made v. weak after round 4" 419 71 419 100 parsed_1y4e 1
119 "added after round 12 - from 450 ms noesy. (Likely obscured by overlap on original 150 ms noesy.)" 420 72 420 170 parsed_1y4e 1
120 "made v. weak after round 4" 421 71 421 100 parsed_1y4e 1
121 "made weak" 422 71 422 82 parsed_1y4e 1
122 "made weak" 423 72 423 83 parsed_1y4e 1
123 "made v. weak after round 4" 424 73 424 102 parsed_1y4e 1
124 "made v. weak after round 4" 425 72 425 101 parsed_1y4e 1
125
;
assign (residue 14 and name HB#) (residue 17 and name HA) 3.90 2.10 2.10 ! made v. weak after round 4 - removed after round 11
assign (residue 15 and name HN) (residue 12 and name HN) 3.90 2.10 2.10 ! made v. weak after round 4 - removed after round 11
;
427 1 428 127 parsed_1y4e 1
126 "made weak" 430 74 430 85 parsed_1y4e 1
127
;
made weak after round 10
assign (residue 16 and name HA) (residue 13 and name HB#) 3.40 1.60 1.60 ! made weak - removed after round 1 w/cal
;
431 73 432 116 parsed_1y4e 1
128 "made weak" 433 74 433 85 parsed_1y4e 1
129 "made weak" 434 74 434 85 parsed_1y4e 1
130 "made v. weak after round 4" 435 74 435 103 parsed_1y4e 1
131 "made v. weak after round 4" 436 76 436 105 parsed_1y4e 1
132 "added after round 5" 437 74 437 95 parsed_1y4e 1
133 "added after round 5; v. weak after round 10" 438 76 438 121 parsed_1y4e 1
134 "added after round 5" 439 73 439 94 parsed_1y4e 1
135 "made weak after round 1 w/cal" 440 74 440 105 parsed_1y4e 1
136 "made weak after round 10" 442 74 442 101 parsed_1y4e 1
137 "made v. weak after round 4" 445 73 445 102 parsed_1y4e 1
138 "made weak" 446 74 446 85 parsed_1y4e 1
139 "made weak" 447 74 447 85 parsed_1y4e 1
140 "made v. weak after round 4" 448 74 448 103 parsed_1y4e 1
141 "made v. weak after round 4" 449 76 449 105 parsed_1y4e 1
142 "made v. weak after round 4" 452 73 452 102 parsed_1y4e 1
143 "w -> v. weak after round 6 - added after round 5" 453 74 453 124 parsed_1y4e 1
144 "w -> v. weak after round 6" 454 73 454 102 parsed_1y4e 1
145 "+/- 4" 458 1 458 20 parsed_1y4e 1
146 "made weak after round 4" 460 71 460 96 parsed_1y4e 1
147 "added after round 3" 461 72 461 93 parsed_1y4e 1
148
;
added after round 3
assign (residue 9 and name HD##) (residue 13 and name HA) 3.8 2 1.2 !removed - weird peak in NOESY - after round 2 w/cal
assign (residue 12 and name HN) (residue 8 and name HN) 4.26 2.46 0.74 ! removed after round 2 w/cal - v. close to diagonal & overlapped w/ 22/21 HN-HN
assign (residue 14 and name HD) (residue 10 and name HN) 3.78 1.98 1.22 ! removed after round 2 w/cal - shift not good for P14HD
assign (residue 15 and name HA) (residue 11 and name HN) 3.6 1.8 1.4 ! removed (temporarily?) after round 1 w/cal - overlap region
assign (residue 17 and name HN) (residue 13 and name HA) 4.79 2.99 0.21 ! removed (temporarily?) after round 1 w/cal - pretty weak peak, to begin with...
;
462 72 467 156 parsed_1y4e 1
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