NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | cing | stage | program | type | item_count |
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31999 |
1f7h   |
cing | 2-parsed | STAR | dihedral angle | 245 |
data_1f7h_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_1f7h
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_1f7h 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_1f7h
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 1f7h "Master copy" parsed_1f7h
stop_
save_
save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_1f7h
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 1f7h.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1f7h 1
1 1f7h.mr . . XPLOR/CNS 2 distance "hydrogen bond" simple 48 parsed_1f7h 1
1 1f7h.mr . . XPLOR/CNS 3 distance NOE simple 273 parsed_1f7h 1
1 1f7h.mr . . n/a 4 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1f7h 1
1 1f7h.mr . . XPLOR/CNS 5 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 245 parsed_1f7h 1
1 1f7h.mr . . "MR format" 6 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1f7h 1
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_dihedral_5
_Torsion_angle_constraint_list.Sf_category torsion_angle_constraints
_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_1f7h
_Torsion_angle_constraint_list.ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 5
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Torsion_angle_constraint.ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_name
_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_1
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_1
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_1
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_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_2
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_Torsion_angle_constraint.Comp_ID_2
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_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_2
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_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Comp_index_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Seq_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Comp_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Comp_index_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Seq_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Comp_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Angle_lower_bound_val
_Torsion_angle_constraint.Angle_upper_bound_val
_Torsion_angle_constraint.Source_experiment_ID
_Torsion_angle_constraint.Auth_asym_ID_1
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_Torsion_angle_constraint.Auth_seq_ID_2
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_Torsion_angle_constraint.Auth_atom_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Auth_asym_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Auth_seq_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Auth_comp_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Auth_atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entry_ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 1 . h22 . 1 . n2 . 1 . c2 . 1 . n3 parsed_1f7h 1
2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 2 . h22 . 2 . n2 . 2 . c2 . 2 . n3 parsed_1f7h 1
3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 5 . h22 . 5 . n2 . 5 . c2 . 5 . n3 parsed_1f7h 1
4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 9 . h22 . 9 . n2 . 9 . c2 . 9 . n3 parsed_1f7h 1
5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 10 . h22 . 10 . n2 . 10 . c2 . 10 . n3 parsed_1f7h 1
6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 16 . h22 . 16 . n2 . 16 . c2 . 16 . n3 parsed_1f7h 1
7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 17 . h22 . 17 . n2 . 17 . c2 . 17 . n3 parsed_1f7h 1
8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 21 . h22 . 21 . n2 . 21 . c2 . 21 . n3 parsed_1f7h 1
9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 22 . h22 . 22 . n2 . 22 . c2 . 22 . n3 parsed_1f7h 1
10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 7 . h42 . 7 . n4 . 7 . c4 . 7 . c5 parsed_1f7h 1
11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 8 . h42 . 8 . n4 . 8 . c4 . 8 . c5 parsed_1f7h 1
12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 12 . h42 . 12 . n4 . 12 . c4 . 12 . c5 parsed_1f7h 1
13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 15 . h42 . 15 . n4 . 15 . c4 . 15 . c5 parsed_1f7h 1
14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 19 . h42 . 19 . n4 . 19 . c4 . 19 . c5 parsed_1f7h 1
15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 20 . h42 . 20 . n4 . 20 . c4 . 20 . c5 parsed_1f7h 1
16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 23 . h42 . 23 . n4 . 23 . c4 . 23 . c5 parsed_1f7h 1
17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 26 . h42 . 26 . n4 . 26 . c4 . 26 . c5 parsed_1f7h 1
18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 27 . h42 . 27 . n4 . 27 . c4 . 27 . c5 parsed_1f7h 1
19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 3 . h62 . 3 . n6 . 3 . c6 . 3 . c5 parsed_1f7h 1
20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 4 . h62 . 4 . n6 . 4 . c6 . 4 . c5 parsed_1f7h 1
21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 18 . h62 . 18 . n6 . 18 . c6 . 18 . c5 parsed_1f7h 1
22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 1 . c4' . 1 . o4' . 1 . c1' . 1 . c2' parsed_1f7h 1
23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 1 . o4' . 1 . c1' . 1 . c2' . 1 . c3' parsed_1f7h 1
24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 1 . c1' . 1 . c2' . 1 . c3' . 1 . c4' parsed_1f7h 1
25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 1 . c2' . 1 . c3' . 1 . c4' . 1 . o4' parsed_1f7h 1
26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 2 . c4' . 2 . o4' . 2 . c1' . 2 . c2' parsed_1f7h 1
27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 2 . o4' . 2 . c1' . 2 . c2' . 2 . c3' parsed_1f7h 1
28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 2 . c1' . 2 . c2' . 2 . c3' . 2 . c4' parsed_1f7h 1
29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 2 . c2' . 2 . c3' . 2 . c4' . 2 . o4' parsed_1f7h 1
30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 3 . c4' . 3 . o4' . 3 . c1' . 3 . c2' parsed_1f7h 1
31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 3 . o4' . 3 . c1' . 3 . c2' . 3 . c3' parsed_1f7h 1
32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 3 . c1' . 3 . c2' . 3 . c3' . 3 . c4' parsed_1f7h 1
33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 3 . c2' . 3 . c3' . 3 . c4' . 3 . o4' parsed_1f7h 1
34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 4 . c4' . 4 . o4' . 4 . c1' . 4 . c2' parsed_1f7h 1
35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 4 . o4' . 4 . c1' . 4 . c2' . 4 . c3' parsed_1f7h 1
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39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 7 . o4' . 7 . c1' . 7 . c2' . 7 . c3' parsed_1f7h 1
40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 7 . c1' . 7 . c2' . 7 . c3' . 7 . c4' parsed_1f7h 1
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43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 8 . o4' . 8 . c1' . 8 . c2' . 8 . c3' parsed_1f7h 1
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47 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 9 . o4' . 9 . c1' . 9 . c2' . 9 . c3' parsed_1f7h 1
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53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 10 . c2' . 10 . c3' . 10 . c4' . 10 . o4' parsed_1f7h 1
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55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 11 . o4' . 11 . c1' . 11 . c2' . 11 . c3' parsed_1f7h 1
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57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 11 . c2' . 11 . c3' . 11 . c4' . 11 . o4' parsed_1f7h 1
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59 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 12 . o4' . 12 . c1' . 12 . c2' . 12 . c3' parsed_1f7h 1
60 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 12 . c1' . 12 . c2' . 12 . c3' . 12 . c4' parsed_1f7h 1
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62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 13 . c4' . 13 . o4' . 13 . c1' . 13 . c2' parsed_1f7h 1
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64 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 13 . c1' . 13 . c2' . 13 . c3' . 13 . c4' parsed_1f7h 1
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67 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 16 . o4' . 16 . c1' . 16 . c2' . 16 . c3' parsed_1f7h 1
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70 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 17 . c4' . 17 . o4' . 17 . c1' . 17 . c2' parsed_1f7h 1
71 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 17 . o4' . 17 . c1' . 17 . c2' . 17 . c3' parsed_1f7h 1
72 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 17 . c1' . 17 . c2' . 17 . c3' . 17 . c4' parsed_1f7h 1
73 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 17 . c2' . 17 . c3' . 17 . c4' . 17 . o4' parsed_1f7h 1
74 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 18 . c4' . 18 . o4' . 18 . c1' . 18 . c2' parsed_1f7h 1
75 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 18 . o4' . 18 . c1' . 18 . c2' . 18 . c3' parsed_1f7h 1
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stop_
loop_
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1 "Keep G amino groups in the plane of the base" 1 1 1 1 parsed_1f7h 1
2 "Keep C amino groups in the plane of the base" 21 1 21 1 parsed_1f7h 1
3 "Keep A amino groups in the plane of the base" 41 1 41 1 parsed_1f7h 1
4 "ribose pucker constraints" 50 2 50 2 parsed_1f7h 1
5 "Make some nucleotides c3'-endo based on 2JH1'H2''" 52 1 52 1 parsed_1f7h 1
6 "modified to restrain v0, v1,v2, and v3 instead of delta" 53 1 53 1 parsed_1f7h 1
7 "restrain some nucleotides to be c2'-endo or in between, based on 2JH1'H2''" 265 1 265 1 parsed_1f7h 1
8 "in between" 267 2 267 2 parsed_1f7h 1
9 c2'-endo 286 2 286 2 parsed_1f7h 1
10 "base chi angle constraints" 306 2 306 2 parsed_1f7h 1
11 "restrain some nucleotides to keep purine bases anti" 308 1 308 1 parsed_1f7h 1
12 "G5: not sure about this one" 322 2 322 2 parsed_1f7h 1
13 "G16: syn!" 332 2 332 2 parsed_1f7h 1
14 "restrain some nucleotides to keep pyrimidine bases anti" 347 1 347 1 parsed_1f7h 1
15 "loop nucleotides UC in U(UC)G not constrained" 364 2 364 2 parsed_1f7h 1
16 "constrain G16 to syn based on strong H8H1' cross peak" 387 2 387 2 parsed_1f7h 1
17 "phosphate backbone torsion angle constraints" 393 2 393 2 parsed_1f7h 1
18 "these constraints were used only during the refinement stage" 394 2 394 2 parsed_1f7h 1
19 "torsions beta through epsilon are used in a first high temperature" 395 2 395 2 parsed_1f7h 1
20 "dynamics stage, torsions alpha and zeta are added in for a second" 396 2 396 2 parsed_1f7h 1
21 "high temperature dynamics stage and final cooling" 397 2 397 2 parsed_1f7h 1
22 "backbone torsion angle beta" 399 1 399 1 parsed_1f7h 1
23 "used in refinement only" 400 1 400 1 parsed_1f7h 1
24 "G5: perhaps not 100% A-form, not constrained to be safe" 409 2 409 2 parsed_1f7h 1
25 "U6,C7: 3JPH5'/H5'' observed, non-trans" 411 2 411 2 parsed_1f7h 1
26 "C12-G16: C(UUCG) tetraloop, not constrained" 425 2 425 2 parsed_1f7h 1
27 "weak 3JPH5'/H5'' for G16, 3JPH4' for C15; C13,U13 probably trans" 426 2 426 2 parsed_1f7h 1
28 "G17: strong 3JPH5'/H5'', non-trans" 428 2 428 2 parsed_1f7h 1
29 "backbone torsion angle gamma" 450 1 450 1 parsed_1f7h 1
30 "used in refinement only" 451 1 451 1 parsed_1f7h 1
31 "G5-C7: around bulge loop, not constrained" 462 2 462 2 parsed_1f7h 1
32 "C12-G16: C(UUCG) tetraloop, not constrained" 473 2 473 2 parsed_1f7h 1
33 "backbone torsion angle epsilon" 496 1 496 1 parsed_1f7h 1
34 "used in refinement only" 497 1 497 1 parsed_1f7h 1
35 "G5-C7: around bulge loop, not constrained" 508 2 508 2 parsed_1f7h 1
36 "C12-G16: C(UUCG) tetraloop, not constrained" 519 2 519 2 parsed_1f7h 1
37 "backbone torsion angle alpha" 542 1 542 1 parsed_1f7h 1
38 "used in refinement only" 543 1 543 1 parsed_1f7h 1
39 "G5-C7: around bulge loop, not constrained" 552 2 552 2 parsed_1f7h 1
40 "UUCG: taken from paper Cheong" 563 2 563 2 parsed_1f7h 1
41 "don't constrain U14, C15, G16: strong 3JPH4'/H5'/H5'', irregular CS" 568 2 568 2 parsed_1f7h 1
42 "UUCG: end" 569 2 569 2 parsed_1f7h 1
43 "G22-C23: continuous strand of bulge, not constrained" 582 2 582 2 parsed_1f7h 1
44 "backbone torsion angle zeta" 591 1 591 1 parsed_1f7h 1
45 "used in refinement only" 592 1 592 1 parsed_1f7h 1
46 "U6-C7: around bulge, not constrained" 603 2 603 2 parsed_1f7h 1
47 "UUCG: taken from paper Cheong" 616 2 616 2 parsed_1f7h 1
48 "don't constrain U14, C15: strong 3JPH4'/H5'/H5'', irregular CS" 621 2 621 2 parsed_1f7h 1
49 "UUCG: end" 622 2 622 2 parsed_1f7h 1
50 "don't constrain this either; funny shift and strong 3JP/H5'/H5''" 624 2 624 2 parsed_1f7h 1
51
;
assign (residue 16 and name c3')(residue 16 and name o3')
(residue 17 and name p)(residue 17 and name o5') 2 -70 30 2
;
625 1 625 1 parsed_1f7h 1
52 "G22-C23: continuous strand of bulge, not constrained" 639 2 639 2 parsed_1f7h 1
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save_
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