NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | item_count |
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615991 |
5uzt   |
30257 | cing | 2-parsed | STAR | dihedral angle | 131 |
data_5uzt_MR_file_constraints
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_Study_list.Entry_ID parsed_5uzt
_Study_list.ID 1
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1 "Conversion project" NMR . parsed_5uzt 1
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_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_5uzt
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
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_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 5uzt "Master copy" parsed_5uzt
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_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_5uzt
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
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_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
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_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
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_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 5uzt.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_5uzt 1
1 5uzt.mr . . unknown 2 unknown "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_5uzt 1
1 5uzt.mr . . XPLOR/CNS 3 distance "hydrogen bond" simple 39 parsed_5uzt 1
1 5uzt.mr . . XPLOR/CNS 4 distance NOE simple 349 parsed_5uzt 1
1 5uzt.mr . . XPLOR/CNS 5 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 131 parsed_5uzt 1
1 5uzt.mr . . "MR format" 6 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_5uzt 1
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save_CNS/XPLOR_dihedral_5
_Torsion_angle_constraint_list.Sf_category torsion_angle_constraints
_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_5uzt
_Torsion_angle_constraint_list.ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 5
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
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_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Angle_lower_bound_val
_Torsion_angle_constraint.Angle_upper_bound_val
_Torsion_angle_constraint.Source_experiment_ID
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_Torsion_angle_constraint.Auth_atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entry_ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25.0 45.0 . . 22 . O4' . 22 . C1' . 22 . C2' . 22 . C3' parsed_5uzt 1
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4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -240.0 -60.0 . . 22 . O4' . 22 . C1' . 22 . N9 . 22 . C4 parsed_5uzt 1
5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -30.0 -10.0 . . 23 . O4' . 23 . C1' . 23 . C2' . 23 . C3' parsed_5uzt 1
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10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130.0 230.0 . . 23 . P . 23 . O5' . 23 . C5' . 23 . C4' parsed_5uzt 1
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12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -210.0 -110.0 . . 23 . C4' . 23 . C3' . 23 . O3' . 24 . P parsed_5uzt 1
13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 -20.0 . . 23 . C3' . 23 . O3' . 24 . P . 24 . O5' parsed_5uzt 1
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1
;
03/17/08 new C2' endo nucleotides introduced U22 according to mshortridge 2015
Pucker is defined with ribose torsion angles nu1 and nu2.
nu1 = O4'-C1'-C2'-C3'
nu2 = C1'-C2'-C3'-C4'
"N" C3' endo:
nu1 = -20 +/- 10
nu2 = +35 +/- 5
"S" C2' endo:
nu1 = +35 +/- 5
nu2 = -35 +/- 5
See Saenger page 20.
C2' endo nucleotides (Judging from TOCSY): only if both H1'-H2'' and
H1'-H3' couplings both are strong (intensity of H1'-H3' even larger).
G1
;
2 1 16 11 parsed_5uzt 1
2 G2 30 1 31 11 parsed_5uzt 1
3 "backbone alpha" 44 1 44 16 parsed_5uzt 1
4 "backbone beta" 47 1 47 15 parsed_5uzt 1
5 "backbone gama" 50 1 50 15 parsed_5uzt 1
6 "backbone epsilon" 53 1 53 18 parsed_5uzt 1
7 "backbone zeta" 56 1 56 15 parsed_5uzt 1
8 U3 59 1 60 11 parsed_5uzt 1
9 "backbone alpha" 73 1 73 16 parsed_5uzt 1
10 "backbone beta" 76 1 76 15 parsed_5uzt 1
11 "backbone gama" 79 1 79 15 parsed_5uzt 1
12 "backbone epsilon" 82 1 82 18 parsed_5uzt 1
13 "backbone zeta" 85 1 85 15 parsed_5uzt 1
14 G4 88 1 89 11 parsed_5uzt 1
15 "backbone alpha" 102 1 102 16 parsed_5uzt 1
16 "backbone beta" 105 1 105 15 parsed_5uzt 1
17 "backbone gama" 108 1 108 15 parsed_5uzt 1
18 "backbone epsilon" 111 1 111 18 parsed_5uzt 1
19 "backbone zeta" 114 1 114 15 parsed_5uzt 1
20 U5 117 1 118 11 parsed_5uzt 1
21 "backbone alpha" 131 1 131 16 parsed_5uzt 1
22 "backbone beta" 134 1 134 15 parsed_5uzt 1
23 "backbone gama" 137 1 137 15 parsed_5uzt 1
24 "backbone epsilon" 140 1 140 18 parsed_5uzt 1
25 "backbone zeta" 143 1 143 15 parsed_5uzt 1
26 U6 146 1 147 11 parsed_5uzt 1
27 "backbone alpha" 162 1 162 16 parsed_5uzt 1
28 "backbone beta" 165 1 165 15 parsed_5uzt 1
29 "backbone gama" 168 1 168 15 parsed_5uzt 1
30 "backbone epsilon" 171 1 171 18 parsed_5uzt 1
31 "backbone zeta" 174 1 174 15 parsed_5uzt 1
32 G7 177 1 178 11 parsed_5uzt 1
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35 "backbone gama" 197 1 197 15 parsed_5uzt 1
36 "backbone epsilon" 200 1 200 18 parsed_5uzt 1
37 "backbone zeta" 203 1 203 15 parsed_5uzt 1
38 U13 207 1 208 12 parsed_5uzt 1
39 C20 225 1 226 12 parsed_5uzt 1
40 U22 242 1 243 12 parsed_5uzt 1
41 C25 260 1 261 12 parsed_5uzt 1
42 "backbone alpha" 274 1 274 16 parsed_5uzt 1
43 "backbone beta" 277 1 277 15 parsed_5uzt 1
44 "backbone gama" 280 1 280 15 parsed_5uzt 1
45 "backbone epsilon" 283 1 283 18 parsed_5uzt 1
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48 "backbone alpha" 305 1 305 16 parsed_5uzt 1
49 "backbone beta" 308 1 308 15 parsed_5uzt 1
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51 "backbone epsilon" 314 1 314 18 parsed_5uzt 1
52 "backbone zeta" 317 1 317 15 parsed_5uzt 1
53 A27 321 1 322 12 parsed_5uzt 1
54 "backbone alpha" 335 1 335 16 parsed_5uzt 1
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56 "backbone gama" 341 1 341 15 parsed_5uzt 1
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74 "backbone gama" 432 1 432 15 parsed_5uzt 1
75 "backbone epsilon" 435 1 435 18 parsed_5uzt 1
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78 "backbone alpha" 455 1 455 16 parsed_5uzt 1
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