NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | cing | stage | program | type | item_count |
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32006 |
1f7i   |
cing | 2-parsed | STAR | dihedral angle | 246 |
data_1f7i_MR_file_constraints
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_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_1f7i
_Study_list.ID 1
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1 "Conversion project" NMR . parsed_1f7i 1
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_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_1f7i
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 1f7i "Master copy" parsed_1f7i
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_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_1f7i
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
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_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
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_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
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_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 1f7i.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1f7i 1
1 1f7i.mr . . XPLOR/CNS 2 distance "hydrogen bond" simple 49 parsed_1f7i 1
1 1f7i.mr . . XPLOR/CNS 3 distance NOE simple 268 parsed_1f7i 1
1 1f7i.mr . . XPLOR/CNS 4 distance "general distance" simple 12 parsed_1f7i 1
1 1f7i.mr . . n/a 5 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1f7i 1
1 1f7i.mr . . XPLOR/CNS 6 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 246 parsed_1f7i 1
1 1f7i.mr . . "MR format" 7 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1f7i 1
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save_CNS/XPLOR_dihedral_6
_Torsion_angle_constraint_list.Sf_category torsion_angle_constraints
_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_1f7i
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_Torsion_angle_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 6
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
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_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_3
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_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_4
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_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_4
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_Torsion_angle_constraint.Comp_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Angle_lower_bound_val
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_Torsion_angle_constraint.Source_experiment_ID
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_Torsion_angle_constraint.Entry_ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 1 . h22 . 1 . n2 . 1 . c2 . 1 . n3 parsed_1f7i 1
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3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 5 . h22 . 5 . n2 . 5 . c2 . 5 . n3 parsed_1f7i 1
4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 9 . h22 . 9 . n2 . 9 . c2 . 9 . n3 parsed_1f7i 1
5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 10 . h22 . 10 . n2 . 10 . c2 . 10 . n3 parsed_1f7i 1
6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 16 . h22 . 16 . n2 . 16 . c2 . 16 . n3 parsed_1f7i 1
7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 17 . h22 . 17 . n2 . 17 . c2 . 17 . n3 parsed_1f7i 1
8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 21 . h22 . 21 . n2 . 21 . c2 . 21 . n3 parsed_1f7i 1
9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 22 . h22 . 22 . n2 . 22 . c2 . 22 . n3 parsed_1f7i 1
10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 8 . h42 . 8 . n4 . 8 . c4 . 8 . c5 parsed_1f7i 1
11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 12 . h42 . 12 . n4 . 12 . c4 . 12 . c5 parsed_1f7i 1
12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 15 . h42 . 15 . n4 . 15 . c4 . 15 . c5 parsed_1f7i 1
13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 19 . h42 . 19 . n4 . 19 . c4 . 19 . c5 parsed_1f7i 1
14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 20 . h42 . 20 . n4 . 20 . c4 . 20 . c5 parsed_1f7i 1
15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 23 . h42 . 23 . n4 . 23 . c4 . 23 . c5 parsed_1f7i 1
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18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 3 . h62 . 3 . n6 . 3 . c6 . 3 . c5 parsed_1f7i 1
19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 4 . h62 . 4 . n6 . 4 . c6 . 4 . c5 parsed_1f7i 1
20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 18 . h62 . 18 . n6 . 18 . c6 . 18 . c5 parsed_1f7i 1
21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 1 . c4' . 1 . o4' . 1 . c1' . 1 . c2' parsed_1f7i 1
22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 1 . o4' . 1 . c1' . 1 . c2' . 1 . c3' parsed_1f7i 1
23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 1 . c1' . 1 . c2' . 1 . c3' . 1 . c4' parsed_1f7i 1
24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 1 . c2' . 1 . c3' . 1 . c4' . 1 . o4' parsed_1f7i 1
25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 2 . c4' . 2 . o4' . 2 . c1' . 2 . c2' parsed_1f7i 1
26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 2 . o4' . 2 . c1' . 2 . c2' . 2 . c3' parsed_1f7i 1
27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 2 . c1' . 2 . c2' . 2 . c3' . 2 . c4' parsed_1f7i 1
28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 2 . c2' . 2 . c3' . 2 . c4' . 2 . o4' parsed_1f7i 1
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30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 3 . o4' . 3 . c1' . 3 . c2' . 3 . c3' parsed_1f7i 1
31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 41 . . 3 . c1' . 3 . c2' . 3 . c3' . 3 . c4' parsed_1f7i 1
32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 3 . c2' . 3 . c3' . 3 . c4' . 3 . o4' parsed_1f7i 1
33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -5 5 . . 4 . c4' . 4 . o4' . 4 . c1' . 4 . c2' parsed_1f7i 1
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54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -27 -17 . . 11 . o4' . 11 . c1' . 11 . c2' . 11 . c3' parsed_1f7i 1
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56 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -41 -31 . . 11 . c2' . 11 . c3' . 11 . c4' . 11 . o4' parsed_1f7i 1
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stop_
loop_
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1 "Keep G amino groups in the plane of the base" 1 1 1 1 parsed_1f7i 1
2 "Keep C amino groups in the plane of the base" 21 1 21 1 parsed_1f7i 1
3 "Keep A amino groups in the plane of the base" 39 1 39 1 parsed_1f7i 1
4 "end of amino planarity restraints, 20 total" 47 2 47 2 parsed_1f7i 1
5 "ribose pucker constraints" 49 9 49 9 parsed_1f7i 1
6 "Make some nucleotides c3'-endo based on 2JH1'H2''" 51 1 51 1 parsed_1f7i 1
7 "modified to restrain v0, v1,v2, and v3 instead of delta" 52 1 52 1 parsed_1f7i 1
8 "restrain some nucleotides to be c2'-endo or in between, based on 2JH1'H2''" 263 1 263 1 parsed_1f7i 1
9 "in between" 265 2 265 2 parsed_1f7i 1
10 c2'-endo 284 2 284 2 parsed_1f7i 1
11 "end of ribose pucker restraints, 27 puckers total" 303 2 303 2 parsed_1f7i 1
12 "base chi angle constraints" 305 9 305 9 parsed_1f7i 1
13 "restrain some nucleotides to keep purine bases anti" 307 1 307 1 parsed_1f7i 1
14 "G5: not sure about this one" 321 2 321 2 parsed_1f7i 1
15 "G16: syn!" 331 2 331 2 parsed_1f7i 1
16 "restrain some nucleotides to keep pyrimidine bases anti" 346 1 346 1 parsed_1f7i 1
17 "loop nucleotides UC in U(UC)G not constrained" 363 9 363 9 parsed_1f7i 1
18 "constrain G16 to syn based on strong H8H1' cross peak" 386 2 386 2 parsed_1f7i 1
19 "end of glycosidic angle restraints, 23 total" 391 2 391 2 parsed_1f7i 1
20 "phosphate backbone torsion angle constraints" 394 9 394 9 parsed_1f7i 1
21 "these constraints were used only during the refinement stage" 395 2 395 2 parsed_1f7i 1
22 "torsions beta through epsilon are used in a first high temperature" 396 9 396 9 parsed_1f7i 1
23 "dynamics stage, torsions alpha and zeta are added in for a second" 397 9 397 9 parsed_1f7i 1
24 "high temperature dynamics stage and final cooling" 398 2 398 2 parsed_1f7i 1
25 "backbone torsion angle beta" 400 1 400 1 parsed_1f7i 1
26 "used in refinement only" 401 1 401 1 parsed_1f7i 1
27 "bulge loop: U6 normal, U7,C8: 3JPH5'/H5'' observed, non trans" 412 2 412 2 parsed_1f7i 1
28 "end bulge" 421 2 421 2 parsed_1f7i 1
29 "C12-G16: C(UUCG) tetraloop, not constrained" 430 9 430 9 parsed_1f7i 1
30 "weak 3JPH5'/H5'' for G16, 3JPH4' for C15; C13,U13 probably trans" 431 9 431 9 parsed_1f7i 1
31 "G17: strong 3JPH5'/H5'', non-trans" 433 9 433 9 parsed_1f7i 1
32 "end of beta restraints, 20 total" 456 1 456 1 parsed_1f7i 1
33 "backbone torsion angle gamma" 458 1 458 1 parsed_1f7i 1
34 "used in refinement only" 459 1 459 1 parsed_1f7i 1
35 "U6-C8: around bulge loop, not constrained" 472 2 472 2 parsed_1f7i 1
36 "C12-G16: C(UUCG) tetraloop, not constrained" 481 2 481 2 parsed_1f7i 1
37 "end of gamma restraints, 18 total" 504 1 504 1 parsed_1f7i 1
38 "backbone torsion angle epsilon" 506 1 506 1 parsed_1f7i 1
39 "used in refinement only" 507 1 507 1 parsed_1f7i 1
40 "U6-C8: around bulge loop, not constrained" 520 2 520 2 parsed_1f7i 1
41 "C12-G16: C(UUCG) tetraloop, not constrained" 529 2 529 2 parsed_1f7i 1
42 "end of epsilon restraints, 18 total" 552 1 552 1 parsed_1f7i 1
43 "backbone torsion angle alpha" 554 1 554 1 parsed_1f7i 1
44 "used in final stage of refinement only" 555 1 555 1 parsed_1f7i 1
45 "U6-C8: round bulge loop, not constrained" 566 2 566 2 parsed_1f7i 1
46 "UUCG: taken from literature" 577 2 577 2 parsed_1f7i 1
47 "don't constrain U14, C15, G16: strong 3JPH4'/H5'/H5'', irregular CS" 582 9 582 9 parsed_1f7i 1
48 "UUCG: end" 583 2 583 2 parsed_1f7i 1
49 "G21-p-G22: continuous strand of bulge, not constrained" 594 2 594 2 parsed_1f7i 1
50 "end of alpha restraints, 18 total" 605 1 605 1 parsed_1f7i 1
51 "backbone torsion angle zeta" 607 1 607 1 parsed_1f7i 1
52 "used in final stage of refinement only" 608 1 608 1 parsed_1f7i 1
53 "U6-C8: around bulge, not constrained" 621 2 621 2 parsed_1f7i 1
54 "UUCG: taken from literature" 632 2 632 2 parsed_1f7i 1
55 "don't constrain U14, C15: strong 3JPH4'/H5'/H5'', irregular CS" 637 9 637 9 parsed_1f7i 1
56 "UUCG: end" 638 2 638 2 parsed_1f7i 1
57 "don't constrain U16 either; funny shift and strong 3JP/H5'/H5''" 640 2 640 2 parsed_1f7i 1
58 "G21-p-G22: continuous strand of bulge, not constrained" 651 2 651 2 parsed_1f7i 1
59 "end of zeta restraints, 19 total" 664 1 664 1 parsed_1f7i 1
60 "end of backbone constraints" 666 2 666 2 parsed_1f7i 1
61 "20 beta 18 gamma 18 epsilon 18 alpha 19 zeta, 93 total" 667 2 667 2 parsed_1f7i 1
62 "end of dihedal restraints" 669 2 669 2 parsed_1f7i 1
63 "20 amino 27 pucker 23 glycosidic 93 backbone, 163 total" 670 2 670 2 parsed_1f7i 1
64 "end of combined NOE distance/dihedral constraints P4 C7>U mutant" 672 2 672 2 parsed_1f7i 1
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