data_5823 ####################### # Entry information # ####################### save_entry_information _Saveframe_category entry_information _Entry_title ; 1H, 15N and 13C assignments of single-stranded DNA binding domains from the 70 kDa subunit of Human Replication Protein A ; _BMRB_accession_number 5823 _BMRB_flat_file_name bmr5823.str _Entry_type original _Submission_date 2003-06-06 _Accession_date 2003-06-09 _Entry_origination author _NMR_STAR_version 2.1.1 _Experimental_method NMR _Details . loop_ _Author_ordinal _Author_family_name _Author_given_name _Author_middle_initials _Author_family_title 1 Bhattacharya Shibani . . 2 Arunkumar Alphonse I. . 3 Sullivan Shannon L. . 4 Botuyan Maria-Victoria . . 5 Arrowsmith Cheryl H. . 6 Chazin Walter J. . stop_ loop_ _Saveframe_category_type _Saveframe_category_type_count assigned_chemical_shifts 1 stop_ loop_ _Data_type _Data_type_count "1H chemical shifts" 1372 "13C chemical shifts" 1036 "15N chemical shifts" 248 stop_ loop_ _Revision_date _Revision_keyword _Revision_author _Revision_detail 2004-02-11 original BMRB . stop_ loop_ _Related_BMRB_accession_number _Relationship 5821 RPA70A 5822 RPA70B stop_ _Original_release_date 2003-06-09 save_ ############################# # Citation for this entry # ############################# save_entry_citation _Saveframe_category entry_citation _Citation_full . _Citation_title ; Letter to the Editor: 1H, 13C and 15N assignments of single-stranded DNA binding domains from the 70 kDa subunit of Human Replication Protein A ; _Citation_status published _Citation_type journal _CAS_abstract_code . _MEDLINE_UI_code . _PubMed_ID 14755166 loop_ _Author_ordinal _Author_family_name _Author_given_name _Author_middle_initials _Author_family_title 1 Bhattacharya Shibani . . 2 Arunkumar Alphonse I. . 3 Sullivan Shannon L. . 4 Botuyan Maria-Victoria . . 5 Arrowsmith Cheryl H. . 6 Chazin Walter J. . stop_ _Journal_abbreviation 'J. 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QSKVVPIASLTPYQSKWTIC ARVTNKSQIRTWSNSRGEGK LFSLELVDESGEIRATAFNE QVDKFFPLIEVNKVYYFSKG TLKIANKQFTAVKNDYEMTF NNETSVMPCEDDHHLPTVQF DFTGIDDLENKSKDSLVDII GICKSYEDATKITVRSNNRE VAKRNIYLMDTSGKVVTATL WGEDADKFDGSRQPVLAIKG ARVSDFGGRSLSVLSSSTII ANPDIPEAYKLRGWFDAEGQ AL ; loop_ _Residue_seq_code _Residue_author_seq_code _Residue_label 1 181 GLN 2 182 SER 3 183 LYS 4 184 VAL 5 185 VAL 6 186 PRO 7 187 ILE 8 188 ALA 9 189 SER 10 190 LEU 11 191 THR 12 192 PRO 13 193 TYR 14 194 GLN 15 195 SER 16 196 LYS 17 197 TRP 18 198 THR 19 199 ILE 20 200 CYS 21 201 ALA 22 202 ARG 23 203 VAL 24 204 THR 25 205 ASN 26 206 LYS 27 207 SER 28 208 GLN 29 209 ILE 30 210 ARG 31 211 THR 32 212 TRP 33 213 SER 34 214 ASN 35 215 SER 36 216 ARG 37 217 GLY 38 218 GLU 39 219 GLY 40 220 LYS 41 221 LEU 42 222 PHE 43 223 SER 44 224 LEU 45 225 GLU 46 226 LEU 47 227 VAL 48 228 ASP 49 229 GLU 50 230 SER 51 231 GLY 52 232 GLU 53 233 ILE 54 234 ARG 55 235 ALA 56 236 THR 57 237 ALA 58 238 PHE 59 239 ASN 60 240 GLU 61 241 GLN 62 242 VAL 63 243 ASP 64 244 LYS 65 245 PHE 66 246 PHE 67 247 PRO 68 248 LEU 69 249 ILE 70 250 GLU 71 251 VAL 72 252 ASN 73 253 LYS 74 254 VAL 75 255 TYR 76 256 TYR 77 257 PHE 78 258 SER 79 259 LYS 80 260 GLY 81 261 THR 82 262 LEU 83 263 LYS 84 264 ILE 85 265 ALA 86 266 ASN 87 267 LYS 88 268 GLN 89 269 PHE 90 270 THR 91 271 ALA 92 272 VAL 93 273 LYS 94 274 ASN 95 275 ASP 96 276 TYR 97 277 GLU 98 278 MET 99 279 THR 100 280 PHE 101 281 ASN 102 282 ASN 103 283 GLU 104 284 THR 105 285 SER 106 286 VAL 107 287 MET 108 288 PRO 109 289 CYS 110 290 GLU 111 291 ASP 112 292 ASP 113 293 HIS 114 294 HIS 115 295 LEU 116 296 PRO 117 297 THR 118 298 VAL 119 299 GLN 120 300 PHE 121 301 ASP 122 302 PHE 123 303 THR 124 304 GLY 125 305 ILE 126 306 ASP 127 307 ASP 128 308 LEU 129 309 GLU 130 310 ASN 131 311 LYS 132 312 SER 133 313 LYS 134 314 ASP 135 315 SER 136 316 LEU 137 317 VAL 138 318 ASP 139 319 ILE 140 320 ILE 141 321 GLY 142 322 ILE 143 323 CYS 144 324 LYS 145 325 SER 146 326 TYR 147 327 GLU 148 328 ASP 149 329 ALA 150 330 THR 151 331 LYS 152 332 ILE 153 333 THR 154 334 VAL 155 335 ARG 156 336 SER 157 337 ASN 158 338 ASN 159 339 ARG 160 340 GLU 161 341 VAL 162 342 ALA 163 343 LYS 164 344 ARG 165 345 ASN 166 346 ILE 167 347 TYR 168 348 LEU 169 349 MET 170 350 ASP 171 351 THR 172 352 SER 173 353 GLY 174 354 LYS 175 355 VAL 176 356 VAL 177 357 THR 178 358 ALA 179 359 THR 180 360 LEU 181 361 TRP 182 362 GLY 183 363 GLU 184 364 ASP 185 365 ALA 186 366 ASP 187 367 LYS 188 368 PHE 189 369 ASP 190 370 GLY 191 371 SER 192 372 ARG 193 373 GLN 194 374 PRO 195 375 VAL 196 376 LEU 197 377 ALA 198 378 ILE 199 379 LYS 200 380 GLY 201 381 ALA 202 382 ARG 203 383 VAL 204 384 SER 205 385 ASP 206 386 PHE 207 387 GLY 208 388 GLY 209 389 ARG 210 390 SER 211 391 LEU 212 392 SER 213 393 VAL 214 394 LEU 215 395 SER 216 396 SER 217 397 SER 218 398 THR 219 399 ILE 220 400 ILE 221 401 ALA 222 402 ASN 223 403 PRO 224 404 ASP 225 405 ILE 226 406 PRO 227 407 GLU 228 408 ALA 229 409 TYR 230 410 LYS 231 411 LEU 232 412 ARG 233 413 GLY 234 414 TRP 235 415 PHE 236 416 ASP 237 417 ALA 238 418 GLU 239 419 GLY 240 420 GLN 241 421 ALA 242 422 LEU stop_ _Sequence_homology_query_date 2008-08-19 _Sequence_homology_query_revised_last_date 2008-08-19 loop_ _Database_name _Database_accession_code _Database_entry_mol_name _Sequence_query_to_submitted_percentage _Sequence_subject_length _Sequence_identity _Sequence_positive _Sequence_homology_expectation_value BMRB 5822 'single chain biopolymer' 51.24 124 100.00 100.00 7.75e-66 PDB 1FGU 'Ssdna-Binding Domain Of The Large Subunit Of Replication Protein A' 99.59 252 100.00 100.00 5.81e-140 PDB 1JMC 'Single Stranded Dna-Binding Domain Of Human Replication Protein A Bound To Single Stranded Dna, Rpa70 Subunit, Residues 183-420' 100.00 246 100.00 100.00 1.81e-140 DBJ BAD92969 'replication protein A1, 70kDa variant [Homo sapiens]' 100.00 630 99.59 99.59 1.98e-140 DBJ BAF82393 'unnamed protein product [Homo sapiens]' 100.00 616 100.00 100.00 3.01e-141 DBJ BAG10883 'replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit [synthetic construct]' 100.00 616 99.59 99.59 1.04e-140 EMBL CAH92206 'hypothetical protein [Pongo abelii]' 100.00 616 99.59 99.59 3.55e-140 GenBank AAA36584 'replication protein A, 70-kDa subunit' 100.00 616 100.00 100.00 3.01e-141 GenBank AAH18126 'Replication protein A1, 70kDa [Homo sapiens]' 100.00 616 100.00 100.00 3.01e-141 GenBank AAS94324 'replication protein A1, 70kDa [Homo sapiens]' 100.00 616 100.00 100.00 3.01e-141 GenBank EAW90574 'replication protein A1, 70kDa [Homo sapiens]' 100.00 616 100.00 100.00 3.01e-141 REF NP_002936 'replication protein A1, 70kDa [Homo sapiens]' 100.00 616 100.00 100.00 3.01e-141 REF XP_511254 'PREDICTED: replication protein A1, 70kDa [Pan troglodytes]' 100.00 670 99.59 99.59 2.46e-140 SWISS-PROT P27694 ; Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit (RP-A p70) (Replication factor A protein 1) (RF-A protein 1) (Single-stranded DNA-binding protein) ; 100.00 616 100.00 100.00 3.01e-141 SWISS-PROT Q5R7Q4 'Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit (RP-A p70) (Replication factor A protein 1) (RF-A protein 1)' 100.00 616 99.59 99.59 3.55e-140 stop_ save_ #################### # Natural source # #################### save_natural_source _Saveframe_category natural_source loop_ _Mol_label _Organism_name_common _NCBI_taxonomy_ID _Superkingdom _Kingdom _Genus _Species $RPA70AB 9606 Human Eukaryota Metazoa Homo sapiens stop_ save_ ######################### # Experimental source # ######################### save_experimental_source _Saveframe_category experimental_source loop_ _Mol_label _Production_method _Host_organism_name_common _Genus _Species _Strain _Vector_name $RPA70AB 'recombinant technology' . . . . . stop_ save_ ##################################### # Sample contents and methodology # ##################################### ######################## # Sample description # ######################## save_Sample_1 _Saveframe_category sample _Sample_type solution _Details . loop_ _Mol_label _Concentration_value _Concentration_value_units _Concentration_min_value _Concentration_max_value _Isotopic_labeling $RPA70AB . mM 0.5 1.0 '[U-15N; U-13C]' tris-d11 20 mM . . . 'Potassium Chloride' 50 mM . . . 'Magnesium Chloride' 10 mM . . . DTT 2 mM . . . 'Sodium Azide' 0.01 % . . . H2O 90 % . . . D2O 10 % . . . stop_ save_ ############################ # Computer software used # ############################ save_FELIX _Saveframe_category software _Name FELIX _Version 2000 _Details . save_ ######################### # Experimental detail # ######################### ################################## # NMR Spectrometer definitions # ################################## save_NMR_spectrometer_1 _Saveframe_category NMR_spectrometer _Manufacturer Bruker _Model Avance _Field_strength 600 _Details . save_ save_NMR_spectrometer_2 _Saveframe_category NMR_spectrometer _Manufacturer Bruker _Model Avance _Field_strength 800 _Details . save_ ############################# # NMR applied experiments # ############################# save_CBCANH_1 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name CBCANH _Sample_label . save_ save_CBCA(CO)NH_2 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name CBCA(CO)NH _Sample_label . save_ save_HNCA_3 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name HNCA _Sample_label . save_ save_HN(CO)CA_4 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name HN(CO)CA _Sample_label . save_ save_HNCO_5 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name HNCO _Sample_label . save_ save_1H-15N_TOCSY_6 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '1H-15N TOCSY' _Sample_label . save_ save_1H-15N_NOESY_7 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '1H-15N NOESY' _Sample_label . save_ save_HCCH-TOCSY_8 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name HCCH-TOCSY _Sample_label . save_ save_H(CCO)NH-TOCSY_9 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name H(CCO)NH-TOCSY _Sample_label . save_ save_(H)C(CO)NH-TOCSY_10 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name (H)C(CO)NH-TOCSY _Sample_label . save_ ####################### # Sample conditions # ####################### save_sample_cond_1 _Saveframe_category sample_conditions _Details . loop_ _Variable_type _Variable_value _Variable_value_error _Variable_value_units 'ionic strength' 0.080 . M pH 7.2 0.2 n/a temperature 298 1 K stop_ save_ #################### # NMR parameters # #################### ############################## # Assigned chemical shifts # ############################## ################################ # Chemical shift referencing # ################################ save_chemical_shift_reference _Saveframe_category chemical_shift_reference _Details . loop_ _Mol_common_name _Atom_type _Atom_isotope_number _Atom_group _Chem_shift_units _Chem_shift_value _Reference_method _Reference_type _External_reference_sample_geometry _External_reference_location _External_reference_axis _Indirect_shift_ratio DSS C 13 'methyl protons' ppm 0.0 . indirect . . . 0.25144952 DSS H 1 'methyl protons' ppm 0.0 internal direct . . . 1.0 DSS N 15 'methyl protons' ppm 0.0 . indirect . . . 0.10132905 stop_ save_ ################################### # Assigned chemical shift lists # ################################### ################################################################### # Chemical Shift Ambiguity Index Value Definitions # # # # The values other than 1 are used for those atoms with different # # chemical shifts that cannot be assigned to stereospecific atoms # # or to specific residues or chains. # # # # Index Value Definition # # # # 1 Unique (including isolated methyl protons, # # geminal atoms, and geminal methyl # # groups with identical chemical shifts) # # (e.g. ILE HD11, HD12, HD13 protons) # # 2 Ambiguity of geminal atoms or geminal methyl # # proton groups (e.g. ASP HB2 and HB3 # # protons, LEU CD1 and CD2 carbons, or # # LEU HD11, HD12, HD13 and HD21, HD22, # # HD23 methyl protons) # # 3 Aromatic atoms on opposite sides of # # symmetrical rings (e.g. TYR HE1 and HE2 # # protons) # # 4 Intraresidue ambiguities (e.g. LYS HG and # # HD protons or TRP HZ2 and HZ3 protons) # # 5 Interresidue ambiguities (LYS 12 vs. LYS 27) # # 6 Intermolecular ambiguities (e.g. ASP 31 CA # # in monomer 1 and ASP 31 CA in monomer 2 # # of an asymmetrical homodimer, duplex # # DNA assignments, or other assignments # # that may apply to atoms in one or more # # molecule in the molecular assembly) # # 9 Ambiguous, specific ambiguity not defined # # # ################################################################### save_shift_set_1 _Saveframe_category assigned_chemical_shifts _Details . loop_ _Experiment_label CBCANH CBCA(CO)NH HNCA HN(CO)CA HNCO '1H-15N TOCSY' '1H-15N NOESY' HCCH-TOCSY H(CCO)NH-TOCSY (H)C(CO)NH-TOCSY stop_ loop_ _Sample_label $Sample_1 stop_ _Sample_conditions_label $sample_cond_1 _Chem_shift_reference_set_label $chemical_shift_reference _Mol_system_component_name RPA70(181-422) _Text_data_format . _Text_data . loop_ _Atom_shift_assign_ID _Residue_author_seq_code _Residue_seq_code _Residue_label _Atom_name _Atom_type _Chem_shift_value _Chem_shift_value_error _Chem_shift_ambiguity_code 1 181 1 GLN CA C 56.44 0.50 1 2 181 1 GLN CB C 29.25 0.50 1 3 182 2 SER C C 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